В связи с крупным ДТП на Каширском шоссе 10 апреля 2013 г., вследствие которого были серьезно повреждены опоры железнодорожного моста, в период с 10 по 12 апреля «Аэроэкспресс» был вынужден отменить ряд рейсов. Изменения коснулись рейсов, отправлявшихся как с Павелецкого вокзала, так и из аэропорта Домодедово.
Всего за период с 10 по 12 апреля 2013 года в связи с частичной блокировкой железнодорожных путей было отменено 40 рейсов, проследовали с задержкой 4 рейса. Серьезные задержки в графике движения аэроэкспрессов были лишь 12 апреля, в день, когда произошла поломка стороннего электровоза на железнодорожных путях.
Для максимального сокращения числа опаздывающих пассажиров на авиарейсы компанией «Аэроэкспресс» было развернуто широкое информирование: организовано аудио оповещение пассажиров в терминале на Павелецком вокзале и в аэропорту Домодедово, там же на всех кассах и автоматах по продаже билетов были размещены печатные объявления, вся актуальная информация о расписании публиковалась на корпоративном сайте компании, в официальных группах «Аэроэкспресс» в социальных сетях и предоставлялась пассажирам по телефону горячей линии 8-800-700-33-77. В период с 10 по 13 апреля компания «Аэроэкспресс» тесно взаимодействовала с пресс-службами аэропорта Домодедово и ОАО «Российские железные дороги».
Всего за время работы в сбойном режиме компания «Аэроэкспресс» оформила возврат стоимости проезда на аэроэкспрессе 33 пассажирам на общую сумму 12 300 рублей. Помимо этого компания «Аэроэкспресс» добровольно взяла на себя обязательства по компенсации стоимости авиабилетов пассажирам, опоздавшим на свои рейсы из-за изменений в графике движения поездов, независимо от причин, вызвавших сбой. Общая сумма выплат по авиабилетам составила почти 149 000 тыс. рублей, оформлен возврат стоимости авиабилетов 27 пассажирам. В общей сложности были выплачены компенсации на сумму 161 285 рублей.
Выплата компенсаций пассажирам, пострадавшим от изменений в графике движения аэроэкспрессов вне зависимости от причин, вызвавших сбой, является добровольной инициативой «Аэроэкспресс». Политика возврата денежных средств в компании действует уже несколько лет и предполагает компенсацию полной стоимости билетов на аэроэкспрессы, если задержка поезда составляет более 15 минут.
С 5:00 часов 13 апреля 2013 года график движения поездов на направлении «Павелецкий вокзал-аэропорт Домодедово» нормализован, аэроэкспрессы курсируют по расписанию.